| Oberliga | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 31 | 21 | 8 | 2 | 62 | : | 20 | |
| Auswärts | 31 | 6 | 9 | 16 | 26 | : | 38 | |
| Neutraler Ort | 1 | 0 | 0 | 1 | 3 | : | 5 | |
| ∑ | 63 | 27 | 17 | 19 | 91 | : | 63 | |
| FDGB-Pokal | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 2 | 2 | 0 | 0 | 8 | : | 4 | |
| Auswärts | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | : | 1 | |
| ∑ | 3 | 2 | 1 | 0 | 9 | : | 5 | |
| 2. Bundesliga | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | : | 0 | |
| Auswärts | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | : | 0 | |
| ∑ | 2 | 2 | 0 | 0 | 2 | : | 0 | |
| 3. Liga | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 5 | 2 | 1 | 2 | 4 | : | 7 | |
| Auswärts | 5 | 1 | 0 | 4 | 5 | : | 8 | |
| ∑ | 10 | 3 | 1 | 6 | 9 | : | 15 | |
| Regionalliga Nord | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | : | 0 | |
| Auswärts | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | : | 0 | |
| ∑ | 2 | 2 | 0 | 0 | 3 | : | 0 | |
| Regionalliga Nordost | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 3 | 2 | 1 | 0 | 10 | : | 4 | |
| Auswärts | 3 | 0 | 2 | 1 | 3 | : | 5 | |
| ∑ | 6 | 2 | 3 | 1 | 13 | : | 9 | |
| Regionalliga Süd (1994-2012) | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | : | 0 | |
| Auswärts | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | : | 0 | |
| ∑ | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | : | 0 | |
| Regionalliga Nordost (1994-2000) | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 3 | 0 | 2 | 1 | 1 | : | 2 | |
| Auswärts | 3 | 0 | 2 | 1 | 2 | : | 4 | |
| ∑ | 6 | 0 | 4 | 2 | 3 | : | 6 | |
| GESAMT | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 47 | 29 | 13 | 5 | 88 | : | 37 | |
| Auswärts | 46 | 9 | 15 | 22 | 39 | : | 56 | |
| Neutraler Ort | 1 | 0 | 0 | 1 | 3 | : | 5 | |
| ∑ | 94 | 38 | 28 | 28 | 130 | : | 98 | |
| 2. Bundesliga | |||||
| 1991/1992 Süd | 20. Spieltag | Rot-Weiß Erfurt | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 (0:1) |
| 1991/1992 Süd | 9. Spieltag | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 (1:0) |
| Regionalliga Nord | |||||
| 2005/2006 | 34. Spieltag | Rot-Weiß Erfurt | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 (0:1) |
| 2005/2006 | 15. Spieltag | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:0 (1:0) |
| Regionalliga Süd (1994-2012) | |||||
| 2000/2001 | 23. Spieltag | Rot-Weiß Erfurt | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 (0:0) |
| 2000/2001 | 6. Spieltag | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:0 (0:0) |
|
Für Spiele, die im Elfmeterschießen entschieden wurden, geht der Spielstand nach 120 Minuten in diese Wertung ein. |
Deutschland 
![FC Carl Zeiss Jena [Frauen]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/2382.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena [Frauen]"){kind=small}
![FC Carl Zeiss Jena II [Frauen]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/12519.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena II [Frauen]"){kind=small}
![FC Carl Zeiss Jena [A-Junioren]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/10850.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena [A-Junioren]"){kind=small}
![FC Carl Zeiss Jena [B-Junioren]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/14892.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena [B-Junioren]"){kind=small}
![FC Carl Zeiss Jena II [B-Junioren]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/37759.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena II [B-Junioren]"){kind=small}
![FC Carl Zeiss Jena [B-Juniorinnen]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/13944.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena [B-Juniorinnen]"){kind=small}
![FC Carl Zeiss Jena [C-Junioren]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/20651.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena [C-Junioren]"){kind=small}
