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| H | FK Senica | - | MŠK Žilina | 1:2 (0:0) | ||
| R | MŠK Žilina | - | FK Senica | 4:2 (1:2, 1:2) i.E. | ||
| H: 23.10.2012 16:30 | R: 06.11.2012 17:30 | Sieger: MŠK Žilina | ||||
| H | FK Dukla Banská Bystrica | - | Spartak Trnava | 2:1 (0:0) | ||
| R | Spartak Trnava | - | FK Dukla Banská Bystrica | 3:1 (2:0) | ||
| H: 23.10.2012 17:00 | R: 06.11.2012 17:00 | Sieger: Spartak Trnava | ||||
| H | MFK Košice | - | Spartak Myjava | 2:0 (1:0) | ||
| R | Spartak Myjava | - | MFK Košice | 3:1 (2:1) | ||
| H: 24.10.2012 16:00 | R: 06.11.2012 13:30 | Sieger: MFK Košice | ||||
| H | Slovan Bratislava | - | MFK Ružomberok | 2:0 (1:0) | ||
| R | MFK Ružomberok | - | Slovan Bratislava | 3:1 (1:1) | ||
| H: 24.10.2012 18:00 | R: 06.11.2012 16:30 | Sieger: Slovan Bratislava | ||||
