# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 13 8 2 3 21:9 12 26
2 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 13 4 8 1 19:13 6 20
3 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 13 5 4 4 19:13 6 19
4 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 12 4 7 1 16:13 3 19
5 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 13 6 1 6 14:21 -7 19
6 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 13 5 2 6 17:22 -5 17
7 FC Malcantone Agno, Schweiz FC Malcantone Agno 13 4 4 5 16:19 -3 16
8 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 13 5 1 7 15:19 -4 16
9 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 13 4 3 6 18:25 -7 15
10 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 12 4 2 6 16:20 -4 14
11 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 13 3 4 6 8:16 -8 13
12 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 12 4 0 8 17:20 -3 12
13 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 12 2 4 6 14:24 -10 10
14 FC Baden, Schweiz FC Baden 13 3 1 9 13:24 -11 10
15 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 13 1 6 6 12:21 -9 9
16 FC Sion, Schweiz FC Sion 5 2 2 1 9:5 4 8
17 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 12 1 2 9 14:27 -13 5
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.