# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 14 8 2 4 20:12 8 50
2 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 14 7 5 2 19:11 8 50
3 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 14 6 5 3 27:17 10 47
4 FC Malcantone Agno, Schweiz FC Malcantone Agno 14 8 3 3 27:19 8 45
5 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 14 6 5 3 19:18 1 45
6 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 14 7 4 3 23:13 10 43
7 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 14 5 4 5 23:17 6 41
8 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 14 6 3 5 16:17 -1 39
9 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 14 7 1 6 22:23 -1 36
10 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 14 7 1 6 24:28 -4 36
11 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 14 3 4 7 15:23 -8 25
12 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 14 4 2 8 19:21 -2 24
13 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 14 3 5 6 16:26 -10 24
14 FC Sion, Schweiz FC Sion 0 0 0 0 0:0 0 20
15 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 14 4 4 6 21:24 -3 20
16 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 14 3 2 9 10:18 -8 19
17 FC Baden, Schweiz FC Baden 14 3 0 11 16:30 -14 19
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.