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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Unterhaching | 34 | 23 | 10 | 1 | 54:13 | 41 | 79 |
| 2 |
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TSV 1860 München II | 34 | 15 | 11 | 8 | 27:17 | 10 | 56 |
| 3 |
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FC Augsburg II | 34 | 14 | 12 | 8 | 33:20 | 13 | 54 |
| 4 |
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Bayern München II | 34 | 12 | 15 | 7 | 35:24 | 11 | 51 |
| 5 |
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1. FC Nürnberg II | 34 | 14 | 9 | 11 | 42:37 | 5 | 51 |
| 6 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 34 | 12 | 13 | 9 | 34:35 | -1 | 49 |
| 7 |
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VfR Garching | 34 | 12 | 12 | 10 | 33:30 | 3 | 48 |
| 8 |
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FV Illertissen | 34 | 12 | 12 | 10 | 22:21 | 1 | 48 |
| 9 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 34 | 13 | 9 | 12 | 32:32 | 0 | 48 |
| 10 |
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TSV 1860 Rosenheim | 34 | 12 | 9 | 13 | 32:34 | -2 | 45 |
| 11 |
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SpVgg Bayreuth | 34 | 12 | 9 | 13 | 29:32 | -3 | 45 |
| 12 |
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TSV Buchbach | 34 | 11 | 10 | 13 | 25:28 | -3 | 43 |
| 13 |
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FC Memmingen | 34 | 9 | 14 | 11 | 30:29 | 1 | 41 |
| 14 |
|
Wacker Burghausen | 34 | 9 | 12 | 13 | 26:29 | -3 | 39 |
| 15 |
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SV Schalding-Heining | 34 | 9 | 10 | 15 | 31:37 | -6 | 37 |
| 16 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 34 | 9 | 9 | 16 | 17:32 | -15 | 36 |
| 17 |
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SV Seligenporten | 34 | 7 | 8 | 19 | 23:49 | -26 | 29 |
| 18 |
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SpVgg Bayern Hof | 34 | 4 | 10 | 20 | 15:41 | -26 | 22 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Der TSV 1860 München II steigt gemäß den Statuten des Verbands automatisch in die Bayernliga ab, da die Profimannschaft des Vereins aus der 2. Bundesliga absteigt. Der SV Seligenporten vermeidet damit den direkten Abstieg und spielt in der Relegation, Schalding-Heining ist gerettet. |
