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| 08.05.1999 | 14:30 | FK Žalgiris B | - | Kauno Jegeriai | 2:4 | |
| 16:00 | Inkaras Kaunas | - | FK Ekranas | 0:3 | ||
| 17:00 | Lokomotyvas Kaunas | - | FK Dainava Alytus | 0:2 | ||
| 17:00 | Banga Gargždai | - | FK Nevėžis | 2:1 | ||
| 17:00 | FK Atlantas | - | FK Kareda Siauliai | 0:3 | ||
| 09.05.1999 | 14:00 | FBK Kaunas | - | FK Zalgiris | 1:1 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FK Zalgiris | 18 | 14 | 4 | 0 | 60:7 | 53 | 48 |
| 2 |
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FK Kareda Siauliai | 18 | 15 | 3 | 0 | 59:7 | 52 | 48 |
| 3 |
|
FBK Kaunas | 18 | 15 | 3 | 0 | 47:9 | 38 | 48 |
| 4 |
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FK Ekranas | 18 | 9 | 4 | 5 | 37:17 | 20 | 30 |
| 5 |
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Inkaras Kaunas | 18 | 8 | 3 | 7 | 26:21 | 5 | 27 |
| 6 |
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FK Dainava Alytus | 18 | 7 | 1 | 10 | 20:41 | -21 | 22 |
| 7 |
|
FK Atlantas | 18 | 6 | 3 | 9 | 24:27 | -3 | 21 |
| 8 |
|
FK Nevėžis | 18 | 5 | 3 | 10 | 14:30 | -16 | 18 |
| 9 |
|
Banga Gargždai | 18 | 4 | 5 | 9 | 13:25 | -12 | 17 |
| 10 |
|
Kauno Jegeriai | 18 | 5 | 2 | 11 | 16:40 | -24 | 17 |
| 11 |
|
FK Žalgiris B | 18 | 5 | 1 | 12 | 18:51 | -33 | 16 |
| 12 |
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Lokomotyvas Kaunas | 18 | 4 | 0 | 14 | 10:33 | -23 | 12 |
| 13 |
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Mastis Telšiai | 12 | 1 | 0 | 11 | 4:40 | -36 | 3 |
| 14 |
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FK Panerys | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
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# Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas) # Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert. # Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit. |
