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| H | Olympiakos Volou | - | Asteras Tripolis | 1:1 (1:0) | ||
| R | Asteras Tripolis | - | Olympiakos Volou | 2:0 (0:0) | ||
| H: 09.01.2013 16:00 | R: 23.01.2013 19:00 | Sieger: Asteras Tripolis | ||||
| H | Panathinaikos | - | Platanias Chanion | 2:1 (1:0) | ||
| R | Platanias Chanion | - | Panathinaikos | 1:0 (0:0) | ||
| H: 09.01.2013 19:00 | R: 23.01.2013 16:00 | Sieger: Platanias Chanion | ||||
| H | PAS Giannina | - | Fostiras FC | 2:0 (1:0) | ||
| R | Fostiras FC | - | PAS Giannina | 2:3 (1:2) | ||
| H: 10.01.2013 16:00 | R: 24.01.2013 16:00 | Sieger: PAS Giannina | ||||
| H | GS Kallithea | - | PAOK Saloniki | 2:0 (0:0) | ||
| R | PAOK Saloniki | - | GS Kallithea | 6:0 (5:0) | ||
| H: 10.01.2013 19:00 | R: 24.01.2013 19:00 | Sieger: PAOK Saloniki | ||||
| H | Apollon Smyrnis | - | Panthrakikos | 1:1 (0:0) | ||
| R | Panthrakikos | - | Apollon Smyrnis | 4:1 (2:0) | ||
| H: 16.01.2013 16:00 | R: 31.01.2013 19:00 | Sieger: Panthrakikos | ||||
| H | Olympiakos Piraeus | - | AO Kavala | 2:0 (0:0) | ||
| R | AO Kavala | - | Olympiakos Piraeus | 0:1 (0:1) | ||
| H: 16.01.2013 19:00 | R: 30.01.2013 19:00 | Sieger: Olympiakos Piraeus | ||||
| H | Levadiakos | - | AO Kerkyra | 2:1 (1:1) | ||
| R | AO Kerkyra | - | Levadiakos | 0:1 (0:1) | ||
| H: 17.01.2013 16:00 | R: 31.01.2013 13:00 | Sieger: Levadiakos | ||||
| H | Veria FC | - | Skoda Xanthi | 2:1 (1:0) | ||
| R | Skoda Xanthi | - | Veria FC | 0:2 (0:1) | ||
| H: 17.01.2013 19:00 | R: 30.01.2013 16:00 | Sieger: Veria FC | ||||
