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| H | Beitar Jerusalem | - | AS Saint-Étienne | 1:2 (1:2) | ||
| R | AS Saint-Étienne | - | Beitar Jerusalem | 0:0 (0:0) | ||
| H: 17.08.2016 18:00 | R: 25.08.2016 20:45 | Sieger: AS Saint-Étienne | ||||
| H | FK Astana | - | BATE Borisov | 2:0 (0:0) | ||
| R | BATE Borisov | - | FK Astana | 2:2 (1:0) | ||
| H: 18.08.2016 16:00 | R: 25.08.2016 20:00 | Sieger: FK Astana | ||||
| H | Dinamo Tbilisi | - | PAOK Saloniki | 0:3 (0:1) | ||
| R | PAOK Saloniki | - | Dinamo Tbilisi | 2:0 (2:0) | ||
| H: 18.08.2016 18:00 | R: 25.08.2016 20:00 | Sieger: PAOK Saloniki | ||||
| H | SønderjyskE | - | AC Sparta Praha | 0:0 (0:0) | ||
| R | AC Sparta Praha | - | SønderjyskE | 3:2 (1:2) | ||
| H: 18.08.2016 18:15 | R: 25.08.2016 20:00 | Sieger: AC Sparta Praha | ||||
| H | FC Midtjylland | - | Osmanlıspor FK | 0:1 (0:1) | ||
| R | Osmanlıspor FK | - | FC Midtjylland | 2:0 (1:0) | ||
| H: 18.08.2016 18:30 | R: 25.08.2016 20:00 | Sieger: Osmanlıspor FK | ||||
| H | FK Krasnodar | - | FK Partizani | 4:0 (3:0) | ||
| R | FK Partizani | - | FK Krasnodar | 0:0 (0:0) | ||
| H: 18.08.2016 18:30 | R: 25.08.2016 19:30 | Sieger: FK Krasnodar | ||||
| H | AEK Larnaca | - | Slovan Liberec | 0:1 (0:1) | ||
| R | Slovan Liberec | - | AEK Larnaca | 3:0 (3:0) | ||
| H: 18.08.2016 19:00 | R: 25.08.2016 19:00 | Sieger: Slovan Liberec | ||||
| H | Austria Wien | - | Rosenborg BK | 2:1 (0:0) | ||
| R | Rosenborg BK | - | Austria Wien | 1:2 (0:0) | ||
| H: 18.08.2016 19:00 | R: 25.08.2016 19:00 | Sieger: Austria Wien | ||||
| H | Gabala FK | - | NK Maribor | 3:1 (1:1) | ||
| R | NK Maribor | - | Gabala FK | 1:0 (0:0) | ||
| H: 18.08.2016 19:00 | R: 25.08.2016 20:15 | Sieger: Gabala FK | ||||
| H | Slavia Praha | - | RSC Anderlecht | 0:3 (0:0) | ||
| R | RSC Anderlecht | - | Slavia Praha | 3:0 (2:0) | ||
| H: 18.08.2016 19:00 | R: 25.08.2016 20:00 | Sieger: RSC Anderlecht | ||||
| H | IFK Göteborg | - | Qarabağ FK | 1:0 (0:0) | ||
| R | Qarabağ FK | - | IFK Göteborg | 3:0 (2:0) | ||
| H: 18.08.2016 19:00 | R: 25.08.2016 18:30 | Sieger: Qarabağ FK | ||||
| H | Maccabi Tel Aviv | - | Hajduk Split | 2:1 (1:0) | ||
| R | Hajduk Split | - | Maccabi Tel Aviv | 3:4 (1:0, 2:1, 2:1) i.E. | ||
| H: 18.08.2016 19:00 | R: 25.08.2016 20:30 | Sieger: Maccabi Tel Aviv | ||||
| H | İstanbul Başakşehir | - | Shakhtar Donetsk | 1:2 (0:2) | ||
| R | Shakhtar Donetsk | - | İstanbul Başakşehir | 2:0 (1:0) | ||
| H: 18.08.2016 19:30 | R: 25.08.2016 21:00 | Sieger: Shakhtar Donetsk | ||||
| H | Lokomotiva Zagreb | - | KRC Genk | 2:2 (0:1) | ||
| R | KRC Genk | - | Lokomotiva Zagreb | 2:0 (1:0) | ||
| H: 18.08.2016 20:00 | R: 25.08.2016 20:00 | Sieger: KRC Genk | ||||
| H | Vojvodina | - | AZ Alkmaar | 0:3 (0:2) | ||
| R | AZ Alkmaar | - | Vojvodina | 0:0 (0:0) | ||
| H: 18.08.2016 20:00 | R: 25.08.2016 20:00 | Sieger: AZ Alkmaar | ||||
| H | Fenerbahçe | - | Grasshopper Club Zürich | 3:0 (1:0) | ||
| R | Grasshopper Club Zürich | - | Fenerbahçe | 0:2 (0:0) | ||
| H: 18.08.2016 20:00 | R: 25.08.2016 19:00 | Sieger: Fenerbahçe | ||||
| H | Panathinaikos | - | Brøndby IF | 3:0 (1:0) | ||
| R | Brøndby IF | - | Panathinaikos | 1:1 (1:0) | ||
| H: 18.08.2016 20:00 | R: 25.08.2016 19:00 | Sieger: Panathinaikos | ||||
| H | Astra Giurgiu | - | West Ham United | 1:1 (0:1) | ||
| R | West Ham United | - | Astra Giurgiu | 0:1 (0:1) | ||
| H: 18.08.2016 20:15 | R: 25.08.2016 20:45 | Sieger: Astra Giurgiu | ||||
| H | KAA Gent | - | KF Shkëndija 79 | 2:1 (1:1) | ||
| R | KF Shkëndija 79 | - | KAA Gent | 0:4 (0:0) | ||
| H: 18.08.2016 20:30 | R: 25.08.2016 20:00 | Sieger: KAA Gent | ||||
| H | Sassuolo Calcio | - | Crvena Zvezda | 3:0 (2:0) | ||
| R | Crvena Zvezda | - | Sassuolo Calcio | 1:1 (0:1) | ||
| H: 18.08.2016 20:45 | R: 25.08.2016 20:30 | Sieger: Sassuolo Calcio | ||||
| H | FC Arouca | - | Olympiakos Piraeus | 0:1 (0:1) | ||
| R | Olympiakos Piraeus | - | FC Arouca | 2:1 (0:0, 0:1) n.V. | ||
| H: 18.08.2016 21:00 | R: 25.08.2016 20:45 | Sieger: Olympiakos Piraeus | ||||
| H | AS Trenčín | - | Rapid Wien | 0:4 (0:1) | ||
| R | Rapid Wien | - | AS Trenčín | 0:2 (0:2) | ||
| H: 18.08.2016 21:05 | R: 25.08.2016 21:05 | Sieger: Rapid Wien | ||||
