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| H | FC Levadia | - | Pandurii Târgu Jiu | 0:0 (0:0) | ||
| R | Pandurii Târgu Jiu | - | FC Levadia | 4:0 (3:0) | ||
| H: 16.07.2013 18:00 | R: 25.07.2013 19:00 | Sieger: Pandurii Târgu Jiu | ||||
| H | Dila Gori | - | Aalborg BK | 3:0 (0:0) | ||
| R | Aalborg BK | - | Dila Gori | 0:0 (0:0) | ||
| H: 18.07.2013 16:00 | R: 25.07.2013 20:15 | Sieger: Dila Gori | ||||
| H | Irtysh Pavlodar | - | Široki Brijeg | 3:2 (2:0) | ||
| R | Široki Brijeg | - | Irtysh Pavlodar | 2:0 (1:0) | ||
| H: 18.07.2013 16:00 | R: 25.07.2013 20:30 | Sieger: Široki Brijeg | ||||
| H | FK Ventspils | - | Jeunesse Esch | 1:0 (1:0) | ||
| R | Jeunesse Esch | - | FK Ventspils | 1:4 (1:1) | ||
| H: 18.07.2013 17:00 | R: 25.07.2013 18:00 | Sieger: FK Ventspils | ||||
| H | Mladost Podgorica | - | FK Senica | 2:2 (0:1) | ||
| R | FK Senica | - | Mladost Podgorica | 0:1 (0:1) | ||
| H: 18.07.2013 17:30 | R: 25.07.2013 19:30 | Sieger: Mladost Podgorica | ||||
| H | FC Honka | - | Lech Poznań | 1:3 (1:1) | ||
| R | Lech Poznań | - | FC Honka | 2:1 (2:1) | ||
| H: 18.07.2013 18:00 | R: 25.07.2013 20:45 | Sieger: Lech Poznań | ||||
| H | Qarabağ FK | - | Piast Gliwice | 2:1 (1:1) | ||
| R | Piast Gliwice | - | Qarabağ FK | 2:2 (2:1, 2:1) n.V. | ||
| H: 18.07.2013 18:00 | R: 25.07.2013 17:30 | Sieger: Qarabağ FK | ||||
| H | Shakhter Soligorsk | - | FC Milsami | 1:1 (1:0) | ||
| R | FC Milsami | - | Shakhter Soligorsk | 4:2 (1:1, 1:1, 1:1) i.E. | ||
| H: 18.07.2013 18:00 | R: 25.07.2013 17:00 | Sieger: FC Milsami | ||||
| H | Dinamo Minsk | - | Lokomotiva Zagreb | 1:2 (0:2) | ||
| R | Lokomotiva Zagreb | - | Dinamo Minsk | 2:3 (0:1) | ||
| H: 18.07.2013 18:00 | R: 25.07.2013 20:00 | Sieger: Dinamo Minsk | ||||
| H | Skonto FC | - | Slovan Liberec | 2:1 (1:1) | ||
| R | Slovan Liberec | - | Skonto FC | 1:0 (1:0) | ||
| H: 18.07.2013 18:30 | R: 25.07.2013 19:00 | Sieger: Slovan Liberec | ||||
| H | Zrinjski Mostar | - | Botev Plovdiv | 1:1 (1:0) | ||
| R | Botev Plovdiv | - | Zrinjski Mostar | 2:0 (0:0) | ||
| H: 18.07.2013 18:30 | R: 25.07.2013 19:30 | Sieger: Botev Plovdiv | ||||
| H | PFC Beroe | - | Hapoel Tel Aviv | 1:4 (1:2) | ||
| R | Hapoel Tel Aviv | - | PFC Beroe | 2:2 (1:1) | ||
| H: 18.07.2013 18:30 | R: 25.07.2013 19:00 | Sieger: Hapoel Tel Aviv | ||||
| H | Strømsgodset IF | - | Debreceni VSC | 2:2 (0:1) | ||
| R | Debreceni VSC | - | Strømsgodset IF | 0:3 (0:1) | ||
| H: 18.07.2013 19:00 | R: 25.07.2013 20:30 | Sieger: Strømsgodset IF | ||||
| H | Tromsø IL | - | Inter Baku | 2:0 (1:0) | ||
| R | Inter Baku | - | Tromsø IL | 1:0 (0:0) | ||
| H: 18.07.2013 19:00 | R: 25.07.2013 18:00 | Sieger: Tromsø IL | ||||
| H | Maccabi Haifa | - | Khazar Lankaran | 2:0 (1:0) | ||
| R | Khazar Lankaran | - | Maccabi Haifa | 0:8 (0:6) | ||
| H: 18.07.2013 19:00 | R: 25.07.2013 18:00 | Sieger: Maccabi Haifa | ||||
| H | Petrolul Ploieşti | - | Víkingur | 3:0 (1:0) | ||
| R | Víkingur | - | Petrolul Ploieşti | 0:4 (0:2) | ||
| H: 18.07.2013 19:00 | R: 25.07.2013 20:00 | Sieger: Petrolul Ploieşti | ||||
| H | Chernomorets Odessa | - | Dacia Chişinău | 2:0 (0:0) | ||
| R | Dacia Chişinău | - | Chernomorets Odessa | 2:1 (1:1) | ||
| H: 18.07.2013 19:00 | R: 25.07.2013 19:15 | Sieger: Chernomorets Odessa | ||||
| H | Anorthosis Famagusta | - | Gefle IF | 3:0 (2:0) | ||
| R | Gefle IF | - | Anorthosis Famagusta | 4:0 (1:0) | ||
| H: 18.07.2013 19:00 | R: 25.07.2013 19:00 | Sieger: Gefle IF | ||||
| H | IFK Göteborg | - | AS Trenčín | 0:0 (0:0) | ||
| R | AS Trenčín | - | IFK Göteborg | 2:1 (1:0) | ||
| H: 18.07.2013 19:00 | R: 25.07.2013 17:00 | Sieger: AS Trenčín | ||||
| H | Rosenborg BK | - | St. Johnstone FC | 0:1 (0:1) | ||
| R | St. Johnstone FC | - | Rosenborg BK | 1:1 (1:1) | ||
| H: 18.07.2013 19:00 | R: 25.07.2013 20:45 | Sieger: St. Johnstone FC | ||||
| H | Malmö FF | - | Hibernian FC | 2:0 (2:0) | ||
| R | Hibernian FC | - | Malmö FF | 0:7 (0:4) | ||
| H: 18.07.2013 19:00 | R: 25.07.2013 20:45 | Sieger: Malmö FF | ||||
| H | IL Hødd | - | FK Aktobe | 1:0 (1:0) | ||
| R | FK Aktobe | - | IL Hødd | 2:0 (1:0) | ||
| H: 18.07.2013 19:00 | R: 25.07.2013 18:00 | Sieger: FK Aktobe | ||||
| H | FK Kukësi | - | FK Sarajevo | 3:2 (2:2) | ||
| R | FK Sarajevo | - | FK Kukësi | 0:0 (0:0) | ||
| H: 18.07.2013 19:30 | R: 25.07.2013 21:00 | Sieger: FK Kukësi | ||||
| H | FC Thun | - | Chikhura Sachkhere | 2:0 (2:0) | ||
| R | Chikhura Sachkhere | - | FC Thun | 1:3 (1:1) | ||
| H: 18.07.2013 19:30 | R: 25.07.2013 18:00 | Sieger: FC Thun | ||||
| H | Valletta FC | - | FK Minsk | 1:1 (1:1) | ||
| R | FK Minsk | - | Valletta FC | 2:0 (0:0) | ||
| H: 18.07.2013 19:30 | R: 25.07.2013 17:00 | Sieger: FK Minsk | ||||
| H | FC Differdange 03 | - | FC Utrecht | 2:1 (1:1) | ||
| R | FC Utrecht | - | FC Differdange 03 | 3:3 (1:1) | ||
| H: 18.07.2013 19:30 | R: 25.07.2013 19:30 | Sieger: FC Differdange 03 | ||||
| H | FK Jagodina | - | Rubin Kazan | 2:3 (0:2) | ||
| R | Rubin Kazan | - | FK Jagodina | 1:0 (0:0) | ||
| H: 18.07.2013 20:00 | R: 25.07.2013 17:00 | Sieger: Rubin Kazan | ||||
| H | VMFD Žalgiris | - | Pyunik FC | 2:0 (0:0) | ||
| R | Pyunik FC | - | VMFD Žalgiris | 1:1 (0:0) | ||
| H: 18.07.2013 20:10 | R: 25.07.2013 18:00 | Sieger: VMFD Žalgiris | ||||
| H | AC Sparta Praha | - | BK Häcken | 2:2 (1:0) | ||
| R | BK Häcken | - | AC Sparta Praha | 1:0 (0:0) | ||
| H: 18.07.2013 20:15 | R: 25.07.2013 19:00 | Sieger: BK Häcken | ||||
| H | Skoda Xanthi | - | Linfield FC | 0:1 (0:1) | ||
| R | Linfield FC | - | Skoda Xanthi | 1:2 (0:1, 0:1) n.V. | ||
| H: 18.07.2013 20:15 | R: 25.07.2013 20:45 | Sieger: Skoda Xanthi | ||||
| H | Crvena Zvezda | - | ÍBV Vestmannaeyjar | 2:0 (1:0) | ||
| R | ÍBV Vestmannaeyjar | - | Crvena Zvezda | 0:0 (0:0) | ||
| H: 18.07.2013 20:30 | R: 25.07.2013 20:30 | Sieger: Crvena Zvezda | ||||
| H | Hajduk Split | - | FK Turnovo | 2:1 (1:1) | ||
| R | FK Turnovo | - | Hajduk Split | 1:1 (0:0) | ||
| H: 18.07.2013 20:30 | R: 25.07.2013 17:45 | Sieger: Hajduk Split | ||||
| H | Vojvodina | - | Budapest Honvéd | 2:0 (1:0) | ||
| R | Budapest Honvéd | - | Vojvodina | 1:3 (1:2) | ||
| H: 18.07.2013 20:30 | R: 25.07.2013 20:30 | Sieger: Vojvodina | ||||
| H | Trabzonspor | - | Derry City | 4:2 (3:2) | ||
| R | Derry City | - | Trabzonspor | 0:3 (0:0) | ||
| H: 18.07.2013 20:30 | R: 25.07.2013 20:45 | Sieger: Trabzonspor | ||||
| H | Astra Giurgiu | - | Omonia Nikosia | 1:1 (1:0) | ||
| R | Omonia Nikosia | - | Astra Giurgiu | 1:2 (0:1) | ||
| H: 18.07.2013 20:30 | R: 25.07.2013 19:00 | Sieger: Astra Giurgiu | ||||
| H | Śląsk Wrocław | - | FK Rudar Pljevlja | 4:0 (2:0) | ||
| R | FK Rudar Pljevlja | - | Śląsk Wrocław | 2:2 (0:2) | ||
| H: 18.07.2013 20:45 | R: 25.07.2013 17:30 | Sieger: Śląsk Wrocław | ||||
| H | Olimpija Ljubljana | - | MŠK Žilina | 3:1 (2:0) | ||
| R | MŠK Žilina | - | Olimpija Ljubljana | 2:0 (1:0) | ||
| H: 18.07.2013 20:45 | R: 25.07.2013 17:30 | Sieger: MŠK Žilina | ||||
| H | HNK Rijeka | - | Prestatyn Town | 5:0 (2:0) | ||
| R | Prestatyn Town | - | HNK Rijeka | 0:3 (0:2) | ||
| H: 18.07.2013 21:00 | R: 25.07.2013 20:00 | Sieger: HNK Rijeka | ||||
| H | Breiðablik | - | Sturm Graz | 0:0 (0:0) | ||
| R | Sturm Graz | - | Breiðablik | 0:1 (0:1) | ||
| H: 18.07.2013 21:15 | R: 25.07.2013 18:00 | Sieger: Breiðablik | ||||
| H | KR Reykjavík | - | Standard Liège | 1:3 (1:1) | ||
| R | Standard Liège | - | KR Reykjavík | 3:1 (1:0) | ||
| H: 18.07.2013 21:15 | R: 25.07.2013 20:30 | Sieger: Standard Liège | ||||
