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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Flora | 13 | 11 | 2 | 0 | 39:6 | 33 | 35 |
| 2 |
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FC Levadia | 15 | 8 | 5 | 2 | 34:14 | 20 | 29 |
| 3 |
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JK Nõmme Kalju | 14 | 9 | 2 | 3 | 32:14 | 18 | 29 |
| 4 |
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FC Infonet | 13 | 8 | 1 | 4 | 31:17 | 14 | 25 |
| 5 |
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JK Narva Trans | 15 | 5 | 2 | 8 | 20:26 | -6 | 17 |
| 6 |
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JK Tammeka | 13 | 3 | 4 | 6 | 15:22 | -7 | 13 |
| 7 |
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Paide Linnameeskond | 14 | 3 | 4 | 7 | 15:36 | -21 | 13 |
| 8 |
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JK Sillamäe Kalev | 16 | 3 | 3 | 10 | 19:37 | -18 | 12 |
| 9 |
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Tulevik Viljandi | 14 | 3 | 0 | 11 | 12:51 | -39 | 9 |
| 10 |
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Pärnu JK Vaprus | 13 | 1 | 0 | 12 | 10:58 | -48 | 3 |
| Champions League Quali. | |
| Abstieg |
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# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus. # JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest. |
