# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Flora, Estland FC Flora 21 17 4 0 59:12 47 55
2 JK Nõmme Kalju, Estland JK Nõmme Kalju 21 15 3 3 61:17 44 48
3 FC Levadia, Estland FC Levadia 21 14 6 1 53:13 40 48
4 FC Infonet, Estland FC Infonet 21 12 3 6 63:24 39 39
5 JK Narva Trans, Estland JK Narva Trans 21 7 4 10 27:32 -5 25
6 JK Sillamäe Kalev, Estland JK Sillamäe Kalev 21 6 4 11 26:42 -16 22
7 JK Tammeka, Estland JK Tammeka 21 5 6 10 24:37 -13 21
8 Paide Linnameeskond, Estland Paide Linnameeskond 21 4 5 12 22:51 -29 17
9 Tulevik Viljandi, Estland Tulevik Viljandi 21 4 1 16 13:57 -44 13
10 Pärnu JK Vaprus, Estland Pärnu JK Vaprus 21 2 2 17 17:80 -63 8
  Champions League Quali.
  Abstieg

# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus.

# JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest.