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| 26.09.2009 | 13:00 | JK Narva Trans | - | FC Kuressaare | 10:0 (5:0) | |
| 13:00 | JK Nõmme Kalju | - | JK Tallinna Kalev | 3:4 (2:1) | ||
| 13:00 | JK Tammeka | - | Tulevik Viljandi | 0:3 (0:1) | ||
| 13:00 | Paide Linnameeskond | - | JK Sillamäe Kalev | 0:1 (0:1) | ||
| 16:00 | FC Levadia | - | FC Flora | 1:0 (1:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Levadia | 29 | 25 | 4 | 0 | 104:19 | 85 | 79 |
| 2 |
|
JK Sillamäe Kalev | 29 | 21 | 3 | 5 | 72:30 | 42 | 66 |
| 3 |
|
JK Narva Trans | 29 | 17 | 6 | 6 | 70:25 | 45 | 57 |
| 4 |
|
FC Flora | 29 | 16 | 6 | 7 | 55:27 | 28 | 54 |
| 5 |
|
JK Nõmme Kalju | 28 | 13 | 6 | 9 | 55:35 | 20 | 45 |
| 6 |
|
Tulevik Viljandi | 29 | 11 | 6 | 12 | 37:38 | -1 | 39 |
| 7 |
|
Paide Linnameeskond | 29 | 6 | 4 | 19 | 16:72 | -56 | 22 |
| 8 |
|
FC Kuressaare | 28 | 5 | 3 | 20 | 15:83 | -68 | 18 |
| 9 |
|
JK Tammeka | 29 | 5 | 2 | 22 | 25:74 | -49 | 17 |
| 10 |
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JK Tallinna Kalev | 29 | 3 | 4 | 22 | 25:71 | -46 | 13 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Das Spiel FC Kuressaare - JK Nõmme Kalju (19. Spieltag) wurde vom Verband annuliert und für beide Teams mit 0 Punkten und 0 Toren gewertet, da beide nicht freigegebene Spieler eingesetzt haben. |
