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| 16.04.2013 | JK Tammeka | - | FC Viljandi | n.gesp. | ||
| 17:00 | JK Narva Trans | - | JK Sillamäe Kalev | 2:1 | ||
| 17.04.2013 | 17:00 | Pärnu Linnameeskond | - | FC Flora | 0:6 | |
| 19:00 | JK Nõmme Kalju | - | Türi Ganvix JK | 5:0 |
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# Der FC Viljandi wurde nach dem Achtelfinale aus dem Wettbewerb ausgeschlossen. JK Tammeka steht somit kampflos im Halbfinale. |
