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| H | FK Sezimovo Ústí | - | Sigma Olomouc | 1:4 (1:2) | ||
| R | Sigma Olomouc | - | FK Sezimovo Ústí | 1:0 (1:0) | ||
| H: 21.09.2011 16:30 | R: 19.10.2011 15:00 | Sieger: Sigma Olomouc | ||||
| H | SK Převýšov | - | Slovan Liberec | 1:4 (0:3) | ||
| R | Slovan Liberec | - | SK Převýšov | 2:1 (0:0) | ||
| H: 21.09.2011 16:30 | R: 26.10.2011 17:30 | Sieger: Slovan Liberec | ||||
| H | FK Teplice | - | MFK Karviná | 1:0 (1:0) | ||
| R | MFK Karviná | - | FK Teplice | 1:3 (0:2) | ||
| H: 21.09.2011 17:30 | R: 19.10.2011 15:30 | Sieger: FK Teplice | ||||
| H | FK Baumit Jablonec | - | FK Dukla Praha | 1:0 (1:0) | ||
| R | FK Dukla Praha | - | FK Baumit Jablonec | 3:2 (1:2) | ||
| H: 28.09.2011 15:00 | R: 19.10.2011 15:30 | Sieger: FK Baumit Jablonec | ||||
| H | 1. FC Slovácko | - | Baník Ostrava | 1:1 (1:0) | ||
| R | Baník Ostrava | - | 1. FC Slovácko | 0:0 (0:0) | ||
| H: 28.09.2011 18:00 | R: 18.10.2011 17:00 | Sieger: Baník Ostrava | ||||
| H | Dynamo České Budějovice | - | Viktoria Žižkov | 1:0 (0:0) | ||
| R | Viktoria Žižkov | - | Dynamo České Budějovice | 1:1 (1:0) | ||
| H: 06.10.2011 18:00 | R: 26.10.2011 17:30 | Sieger: Dynamo České Budějovice | ||||
| H | 1. SC Znojmo | - | AC Sparta Praha | 1:4 (0:2) | ||
| R | AC Sparta Praha | - | 1. SC Znojmo | 3:0 (1:0) | ||
| H: 19.10.2011 15:30 | R: 16.11.2011 18:00 | Sieger: AC Sparta Praha | ||||
| H | Viktoria Plzeň | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 (0:0) | ||
| R | FK Mladá Boleslav | - | Viktoria Plzeň | 2:0 (1:0) | ||
| H: 07.03.2012 17:15 | R: 14.03.2012 15:30 | Sieger: FK Mladá Boleslav | ||||
