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| H | Austria Wien | - | SL Benfica | 1:1 (1:1) | ||
| R | SL Benfica | - | Austria Wien | 3:0 (2:0) | ||
| H: 08.08.2006 20:45 | R: 22.08.2006 21:15 | Sieger: SL Benfica | ||||
| H | Dinamo Zagreb | - | Arsenal FC | 0:3 (0:0) | ||
| R | Arsenal FC | - | Dinamo Zagreb | 2:1 (0:1) | ||
| H: 08.08.2006 21:05 | R: 23.08.2006 21:05 | Sieger: Arsenal FC | ||||
| H | CSKA Moskva | - | MFK Ružomberok | 3:0 (0:0) | ||
| R | MFK Ružomberok | - | CSKA Moskva | 0:2 (0:2) | ||
| H: 09.08.2006 18:00 | R: 23.08.2006 20:00 | Sieger: CSKA Moskva | ||||
| H | Dinamo Kiev | - | Fenerbahçe | 3:1 (1:0) | ||
| R | Fenerbahçe | - | Dinamo Kiev | 2:2 (1:2) | ||
| H: 09.08.2006 18:00 | R: 23.08.2006 20:00 | Sieger: Dinamo Kiev | ||||
| H | Lille OSC | - | FK Rabotnički | 3:0 (0:0) | ||
| R | FK Rabotnički | - | Lille OSC | 0:1 (0:1) | ||
| H: 09.08.2006 18:00 | R: 23.08.2006 20:00 | Sieger: Lille OSC | ||||
| H | Shakhtar Donetsk | - | Legia Warszawa | 1:0 (1:0) | ||
| R | Legia Warszawa | - | Shakhtar Donetsk | 2:3 (1:3) | ||
| H: 09.08.2006 18:30 | R: 23.08.2006 20:30 | Sieger: Shakhtar Donetsk | ||||
| H | Levski Sofia | - | Chievo Verona | 2:0 (1:0) | ||
| R | Chievo Verona | - | Levski Sofia | 2:2 (0:1) | ||
| H: 09.08.2006 19:30 | R: 23.08.2006 21:00 | Sieger: Levski Sofia | ||||
| H | Galatasaray | - | FK Mladá Boleslav | 5:2 (2:0) | ||
| R | FK Mladá Boleslav | - | Galatasaray | 1:1 (0:0) | ||
| H: 09.08.2006 19:30 | R: 23.08.2006 19:30 | Sieger: Galatasaray | ||||
| H | Slovan Liberec | - | Spartak Moskva | 0:0 (0:0) | ||
| R | Spartak Moskva | - | Slovan Liberec | 2:1 (1:0) | ||
| H: 09.08.2006 20:15 | R: 23.08.2006 17:00 | Sieger: Spartak Moskva | ||||
| H | Standard Liège | - | FC Steaua Bucureşti | 2:2 (1:1) | ||
| R | FC Steaua Bucureşti | - | Standard Liège | 2:1 (1:1) | ||
| H: 09.08.2006 20:30 | R: 23.08.2006 19:30 | Sieger: FC Steaua Bucureşti | ||||
| H | FC København | - | AFC Ajax | 1:2 (0:1) | ||
| R | AFC Ajax | - | FC København | 0:2 (0:0) | ||
| H: 09.08.2006 20:30 | R: 23.08.2006 20:30 | Sieger: FC København | ||||
| H | Hamburger SV | - | CA Osasuna | 0:0 (0:0) | ||
| R | CA Osasuna | - | Hamburger SV | 1:1 (1:0) | ||
| H: 09.08.2006 20:30 | R: 22.08.2006 20:45 | Sieger: Hamburger SV | ||||
| H | RB Salzburg | - | Valencia CF | 1:0 (0:0) | ||
| R | Valencia CF | - | RB Salzburg | 3:0 (2:0) | ||
| H: 09.08.2006 20:45 | R: 22.08.2006 22:00 | Sieger: Valencia CF | ||||
| H | Heart of Midlothian | - | AEK Athen | 1:2 (0:0) | ||
| R | AEK Athen | - | Heart of Midlothian | 3:0 (0:0) | ||
| H: 09.08.2006 20:45 | R: 23.08.2006 20:45 | Sieger: AEK Athen | ||||
| H | AC Milan | - | Crvena Zvezda | 1:0 (1:0) | ||
| R | Crvena Zvezda | - | AC Milan | 1:2 (0:1) | ||
| H: 09.08.2006 20:45 | R: 22.08.2006 21:00 | Sieger: AC Milan | ||||
| H | Liverpool FC | - | Maccabi Haifa | 2:1 (1:1) | ||
| R | Maccabi Haifa | - | Liverpool FC | 1:1 (0:0) | ||
| H: 09.08.2006 21:05 | R: 22.08.2006 20:35 | Sieger: Liverpool FC | ||||
