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| H | AC Sparta Praha | - | FC Steaua Bucureşti | 1:1 (1:0) | ||
| R | FC Steaua Bucureşti | - | AC Sparta Praha | 2:0 (1:0) | ||
| H: 26.07.2016 20:00 | R: 03.08.2016 19:45 | Sieger: FC Steaua Bucureşti | ||||
| H | BATE Borisov | - | Dundalk FC | 1:0 (0:0) | ||
| R | Dundalk FC | - | BATE Borisov | 3:0 (1:0) | ||
| H: 26.07.2016 20:00 | R: 02.08.2016 21:00 | Sieger: Dundalk FC | ||||
| H | PFC Ludogorets Razgrad | - | Crvena Zvezda | 2:2 (1:0) | ||
| R | Crvena Zvezda | - | PFC Ludogorets Razgrad | 2:4 (1:2, 2:2) n.V. | ||
| H: 26.07.2016 20:00 | R: 02.08.2016 20:30 | Sieger: PFC Ludogorets Razgrad | ||||
| H | FK Partizani | - | RB Salzburg | 0:1 (0:0) | ||
| R | RB Salzburg | - | FK Partizani | 2:0 (0:0) | ||
| H: 26.07.2016 20:15 | R: 03.08.2016 20:30 | Sieger: RB Salzburg | ||||
| H | Viktoria Plzeň | - | Qarabağ FK | 0:0 (0:0) | ||
| R | Qarabağ FK | - | Viktoria Plzeň | 1:1 (1:0) | ||
| H: 26.07.2016 20:15 | R: 02.08.2016 18:30 | Sieger: Viktoria Plzeň | ||||
| H | FK Rostov | - | RSC Anderlecht | 2:2 (1:1) | ||
| R | RSC Anderlecht | - | FK Rostov | 0:2 (0:1) | ||
| H: 26.07.2016 20:30 | R: 03.08.2016 20:45 | Sieger: FK Rostov | ||||
| H | AFC Ajax | - | PAOK Saloniki | 1:1 (0:1) | ||
| R | PAOK Saloniki | - | AFC Ajax | 1:2 (1:1) | ||
| H: 26.07.2016 20:45 | R: 03.08.2016 20:30 | Sieger: AFC Ajax | ||||
| H | Shakhtar Donetsk | - | BSC Young Boys | 2:0 (1:0) | ||
| R | BSC Young Boys | - | Shakhtar Donetsk | 4:2 (0:0, 2:0, 2:0) i.E. | ||
| H: 26.07.2016 20:45 | R: 03.08.2016 20:15 | Sieger: BSC Young Boys | ||||
| H | Dinamo Zagreb | - | Dinamo Tbilisi | 2:0 (2:0) | ||
| R | Dinamo Tbilisi | - | Dinamo Zagreb | 0:1 (0:1) | ||
| H: 26.07.2016 20:45 | R: 02.08.2016 19:00 | Sieger: Dinamo Zagreb | ||||
| H | FK Astana | - | Celtic FC | 1:1 (1:0) | ||
| R | Celtic FC | - | FK Astana | 2:1 (1:0) | ||
| H: 27.07.2016 16:00 | R: 03.08.2016 20:45 | Sieger: Celtic FC | ||||
| H | Rosenborg BK | - | APOEL Nikosia | 2:1 (2:0) | ||
| R | APOEL Nikosia | - | Rosenborg BK | 3:0 (0:0) | ||
| H: 27.07.2016 19:15 | R: 02.08.2016 19:00 | Sieger: APOEL Nikosia | ||||
| H | Astra Giurgiu | - | FC København | 1:1 (1:0) | ||
| R | FC København | - | Astra Giurgiu | 3:0 (3:0) | ||
| H: 27.07.2016 19:30 | R: 03.08.2016 19:45 | Sieger: FC København | ||||
| H | Fenerbahçe | - | AS Monaco | 2:1 (1:1) | ||
| R | AS Monaco | - | Fenerbahçe | 3:1 (2:0) | ||
| H: 27.07.2016 20:30 | R: 03.08.2016 20:45 | Sieger: AS Monaco | ||||
| H | AS Trenčín | - | Legia Warszawa | 0:1 (0:0) | ||
| R | Legia Warszawa | - | AS Trenčín | 0:0 (0:0) | ||
| H: 27.07.2016 20:30 | R: 03.08.2016 20:45 | Sieger: Legia Warszawa | ||||
| H | Olympiakos Piraeus | - | Hapoel Be'er Sheva | 0:0 (0:0) | ||
| R | Hapoel Be'er Sheva | - | Olympiakos Piraeus | 1:0 (0:0) | ||
| H: 27.07.2016 20:45 | R: 03.08.2016 20:00 | Sieger: Hapoel Be'er Sheva | ||||
