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| H | Shakter Karaganda | - | KF Skënderbeu | 3:0 (1:0) | ||
| R | KF Skënderbeu | - | Shakter Karaganda | 3:2 (3:1) | ||
| H: 30.07.2013 15:00 | R: 06.08.2013 20:00 | Sieger: Shakter Karaganda | ||||
| H | Austria Wien | - | FH Hafnarfjörður | 1:0 (1:0) | ||
| R | FH Hafnarfjörður | - | Austria Wien | 0:0 (0:0) | ||
| H: 30.07.2013 18:00 | R: 07.08.2013 18:00 | Sieger: Austria Wien | ||||
| H | JK Nõmme Kalju | - | Viktoria Plzeň | 0:4 (0:1) | ||
| R | Viktoria Plzeň | - | JK Nõmme Kalju | 6:2 (2:1) | ||
| H: 30.07.2013 18:00 | R: 07.08.2013 20:15 | Sieger: Viktoria Plzeň | ||||
| H | Dinamo Tbilisi | - | FC Steaua Bucureşti | 0:2 (0:0) | ||
| R | FC Steaua Bucureşti | - | Dinamo Tbilisi | 1:1 (1:0) | ||
| H: 30.07.2013 18:00 | R: 06.08.2013 19:45 | Sieger: FC Steaua Bucureşti | ||||
| H | FC Basel 1893 | - | Maccabi Tel Aviv | 1:0 (1:0) | ||
| R | Maccabi Tel Aviv | - | FC Basel 1893 | 3:3 (2:3) | ||
| H: 30.07.2013 19:00 | R: 06.08.2013 19:00 | Sieger: FC Basel 1893 | ||||
| H | FC Nordsjælland | - | Zenit St. Petersburg | 0:1 (0:0) | ||
| R | Zenit St. Petersburg | - | FC Nordsjælland | 5:0 (1:0) | ||
| H: 30.07.2013 19:00 | R: 07.08.2013 18:00 | Sieger: Zenit St. Petersburg | ||||
| H | PAOK Saloniki | - | Metalist Kharkiv | 0:2 (0:1) | ||
| R | Metalist Kharkiv | - | PAOK Saloniki | 1:1 (0:0) | ||
| H: 30.07.2013 20:00 | R: 07.08.2013 19:00 | Sieger: Metalist Kharkiv | ||||
| H | Dinamo Zagreb | - | FC Sheriff | 1:0 (0:0) | ||
| R | FC Sheriff | - | Dinamo Zagreb | 0:3 (0:2) | ||
| H: 30.07.2013 20:45 | R: 07.08.2013 19:00 | Sieger: Dinamo Zagreb | ||||
| H | PSV Eindhoven | - | SV Zulte Waregem | 2:0 (0:0) | ||
| R | SV Zulte Waregem | - | PSV Eindhoven | 0:3 (0:0) | ||
| H: 30.07.2013 20:45 | R: 07.08.2013 20:45 | Sieger: PSV Eindhoven | ||||
| H | Olympique Lyonnais | - | Grasshopper Club Zürich | 1:0 (0:0) | ||
| R | Grasshopper Club Zürich | - | Olympique Lyonnais | 0:1 (0:0) | ||
| H: 30.07.2013 21:00 | R: 06.08.2013 21:00 | Sieger: Olympique Lyonnais | ||||
| H | Molde FK | - | Legia Warszawa | 1:1 (1:0) | ||
| R | Legia Warszawa | - | Molde FK | 0:0 (0:0) | ||
| H: 31.07.2013 19:00 | R: 07.08.2013 20:45 | Sieger: Legia Warszawa | ||||
| H | APOEL Nikosia | - | NK Maribor | 1:1 (1:0) | ||
| R | NK Maribor | - | APOEL Nikosia | 0:0 (0:0) | ||
| H: 31.07.2013 19:00 | R: 06.08.2013 20:00 | Sieger: NK Maribor | ||||
| H | PFC Ludogorets Razgrad | - | Partizan | 2:1 (0:0) | ||
| R | Partizan | - | PFC Ludogorets Razgrad | 0:1 (0:0) | ||
| H: 31.07.2013 19:30 | R: 06.08.2013 20:45 | Sieger: PFC Ludogorets Razgrad | ||||
| H | RB Salzburg | - | Fenerbahçe | 1:1 (0:0) | ||
| R | Fenerbahçe | - | RB Salzburg | 3:1 (3:1) | ||
| H: 31.07.2013 20:30 | R: 06.08.2013 20:45 | Sieger: Fenerbahçe | ||||
| H | Celtic FC | - | IF Elfsborg | 1:0 (0:0) | ||
| R | IF Elfsborg | - | Celtic FC | 0:0 (0:0) | ||
| H: 31.07.2013 20:45 | R: 07.08.2013 19:45 | Sieger: Celtic FC | ||||
