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| H | Dinamo Kiev | - | Feyenoord | 2:1 (0:0) | ||
| R | Feyenoord | - | Dinamo Kiev | 0:1 (0:0) | ||
| H: 31.07.2012 19:00 | R: 07.08.2012 20:00 | Sieger: Dinamo Kiev | ||||
| H | Motherwell FC | - | Panathinaikos | 0:2 (0:1) | ||
| R | Panathinaikos | - | Motherwell FC | 3:0 (0:0) | ||
| H: 31.07.2012 20:45 | R: 08.08.2012 20:45 | Sieger: Panathinaikos | ||||
| H | BATE Borisov | - | Debreceni VSC | 1:1 (0:0) | ||
| R | Debreceni VSC | - | BATE Borisov | 0:2 (0:1) | ||
| H: 01.08.2012 18:00 | R: 07.08.2012 20:30 | Sieger: BATE Borisov | ||||
| H | Ironi Kiryat Shmona | - | Neftçi PFK | 4:0 (1:0) | ||
| R | Neftçi PFK | - | Ironi Kiryat Shmona | 2:2 (1:0) | ||
| H: 01.08.2012 18:30 | R: 08.08.2012 18:00 | Sieger: Ironi Kiryat Shmona | ||||
| H | FC Sheriff | - | Dinamo Zagreb | 0:1 (0:1) | ||
| R | Dinamo Zagreb | - | FC Sheriff | 4:0 (2:0) | ||
| H: 01.08.2012 19:00 | R: 08.08.2012 20:45 | Sieger: Dinamo Zagreb | ||||
| H | Molde FK | - | FC Basel 1893 | 0:1 (0:0) | ||
| R | FC Basel 1893 | - | Molde FK | 1:1 (0:1) | ||
| H: 01.08.2012 19:00 | R: 08.08.2012 20:00 | Sieger: FC Basel 1893 | ||||
| H | AEL Limassol | - | Partizan | 1:0 (1:0) | ||
| R | Partizan | - | AEL Limassol | 0:1 (0:1) | ||
| H: 01.08.2012 19:45 | R: 08.08.2012 20:45 | Sieger: AEL Limassol | ||||
| H | NK Maribor | - | F91 Dudelange | 4:1 (2:0) | ||
| R | F91 Dudelange | - | NK Maribor | 0:1 (0:0) | ||
| H: 01.08.2012 20:00 | R: 08.08.2012 17:00 | Sieger: NK Maribor | ||||
| H | RSC Anderlecht | - | FK Ekranas | 5:0 (3:0) | ||
| R | FK Ekranas | - | RSC Anderlecht | 0:6 (0:3) | ||
| H: 01.08.2012 20:00 | R: 08.08.2012 19:00 | Sieger: RSC Anderlecht | ||||
| H | FC København | - | Club Brugge KV | 0:0 (0:0) | ||
| R | Club Brugge KV | - | FC København | 2:3 (1:0) | ||
| H: 01.08.2012 20:00 | R: 08.08.2012 20:30 | Sieger: FC København | ||||
| H | CFR Cluj | - | Slovan Liberec | 1:0 (0:0) | ||
| R | Slovan Liberec | - | CFR Cluj | 1:2 (0:1) | ||
| H: 01.08.2012 20:45 | R: 08.08.2012 19:00 | Sieger: CFR Cluj | ||||
| H | Śląsk Wrocław | - | Helsingborgs IF | 0:3 (0:1) | ||
| R | Helsingborgs IF | - | Śląsk Wrocław | 3:1 (1:1) | ||
| H: 01.08.2012 20:45 | R: 08.08.2012 18:00 | Sieger: Helsingborgs IF | ||||
| H | Celtic FC | - | HJK Helsinki | 2:1 (0:0) | ||
| R | HJK Helsinki | - | Celtic FC | 0:2 (0:0) | ||
| H: 01.08.2012 20:45 | R: 08.08.2012 19:00 | Sieger: Celtic FC | ||||
| H | Fenerbahçe | - | FC Vaslui | 1:1 (0:0) | ||
| R | FC Vaslui | - | Fenerbahçe | 1:4 (1:1) | ||
| H: 01.08.2012 20:45 | R: 08.08.2012 20:00 | Sieger: Fenerbahçe | ||||
