# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 8 5 2 1 17:11 6 17
2 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 8 5 2 1 14:8 6 17
3 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 8 5 1 2 10:5 5 16
4 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 8 5 1 2 13:9 4 16
5 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 8 4 3 1 14:7 7 15
6 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 8 4 2 2 12:8 4 14
7 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 8 3 3 2 6:4 2 12
8 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 8 3 2 3 12:7 5 11
9 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 8 3 2 3 11:10 1 11
10 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 8 2 4 2 9:6 3 10
11 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 8 3 1 4 11:12 -1 10
12 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 8 2 3 3 10:14 -4 9
13 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 8 3 0 5 8:12 -4 9
14 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 8 3 1 4 11:12 -1 8
  SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 8 1 5 2 11:12 -1 8
16 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 8 2 1 5 8:12 -4 7
17 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 8 1 3 4 5:11 -6 6
18 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 8 2 4 2 10:12 -2 5
19 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 8 1 2 5 8:15 -7 5
20 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 8 1 2 5 5:18 -13 5
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.