# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 10 6 4 0 12:2 10 22
2 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 10 6 2 2 8:2 6 20
3 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 10 6 2 2 8:3 5 20
4 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 10 4 4 2 7:4 3 16
5 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 10 5 1 4 14:12 2 16
6 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 10 4 4 2 8:7 1 16
7 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 10 4 3 3 6:7 -1 15
8 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 10 3 5 2 9:7 2 14
9 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 10 3 4 3 8:8 0 13
  Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 10 3 4 3 8:8 0 13
11 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 10 3 4 3 5:5 0 13
12 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 10 3 3 4 7:7 0 12
13 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 10 2 6 2 6:6 0 12
14 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 10 3 3 4 6:9 -3 12
15 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 10 2 5 3 7:5 2 11
16 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 10 2 5 3 3:5 -2 11
17 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 10 2 3 5 6:9 -3 9
18 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 10 2 3 5 6:11 -5 9
19 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 10 2 1 7 4:10 -6 7
20 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 10 1 2 7 4:15 -11 5
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.