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| 03.10.2008 | 19:00 | Wuppertaler SV | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 (0:0) | |
| 19:00 | VfB Stuttgart II | - | SC Paderborn 07 | 1:2 (0:1) | ||
| 04.10.2008 | 14:00 | Kickers Emden | - | Fortuna Düsseldorf | 1:0 (0:0) | |
| 14:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | SpVgg Unterhaching | 4:1 (3:0) | ||
| 14:00 | Erzgebirge Aue | - | SV Sandhausen | 2:2 (0:1) | ||
| 14:00 | 1. FC Union Berlin | - | VfR Aalen | 3:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | Werder Bremen II | 1:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | Jahn Regensburg | 0:1 (0:1) | ||
| 05.10.2008 | 14:00 | Bayern München II | - | Stuttgarter Kickers | 3:3 (1:3) | |
| 14:00 | Dynamo Dresden | - | Eintracht Braunschweig | 1:1 (1:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SC Paderborn 07 | 9 | 7 | 1 | 1 | 18:10 | 8 | 22 |
| 2 |
|
Kickers Emden | 9 | 6 | 2 | 1 | 14:7 | 7 | 20 |
| 3 |
|
1. FC Union Berlin | 9 | 5 | 3 | 1 | 16:6 | 10 | 18 |
| 4 |
|
SV Sandhausen | 9 | 5 | 1 | 3 | 19:12 | 7 | 16 |
| 5 |
|
Fortuna Düsseldorf | 9 | 5 | 1 | 3 | 14:8 | 6 | 16 |
| 6 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 9 | 5 | 1 | 3 | 15:12 | 3 | 16 |
| 7 |
|
Bayern München II | 9 | 4 | 4 | 1 | 13:10 | 3 | 16 |
| 8 |
|
SpVgg Unterhaching | 9 | 4 | 3 | 2 | 13:12 | 1 | 15 |
| 9 |
|
VfB Stuttgart II | 9 | 4 | 2 | 3 | 20:11 | 9 | 14 |
| 10 |
|
Kickers Offenbach | 9 | 3 | 4 | 2 | 11:12 | -1 | 13 |
| 11 |
|
Eintracht Braunschweig | 9 | 3 | 3 | 3 | 11:10 | 1 | 12 |
| 12 |
|
Dynamo Dresden | 9 | 3 | 2 | 4 | 9:9 | 0 | 11 |
| 13 |
|
Wacker Burghausen | 9 | 3 | 0 | 6 | 14:20 | -6 | 9 |
| 14 |
|
Jahn Regensburg | 9 | 2 | 3 | 4 | 9:15 | -6 | 9 |
| 15 |
|
Wuppertaler SV | 9 | 2 | 2 | 5 | 8:13 | -5 | 8 |
| 16 |
|
VfR Aalen | 9 | 1 | 5 | 3 | 6:13 | -7 | 8 |
| 17 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 9 | 2 | 2 | 5 | 11:19 | -8 | 8 |
| 18 |
|
Werder Bremen II | 9 | 2 | 1 | 6 | 14:20 | -6 | 7 |
| 19 |
|
Erzgebirge Aue | 9 | 1 | 3 | 5 | 9:16 | -7 | 6 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 9 | 0 | 3 | 6 | 8:17 | -9 | 0 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
