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| 26.09.2008 | 19:00 | Werder Bremen II | - | VfB Stuttgart II | 4:5 (2:2) | |
| 19:00 | SV Sandhausen | - | Jahn Regensburg | 3:0 (1:0) | ||
| 27.09.2008 | 14:00 | Eintracht Braunschweig | - | Wuppertaler SV | 2:1 (2:1) | |
| 14:00 | Dynamo Dresden | - | Wacker Burghausen | 3:1 (1:1) | ||
| 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | Erzgebirge Aue | 1:1 (1:0) | ||
| 14:00 | Fortuna Düsseldorf | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Stuttgarter Kickers | - | Kickers Emden | 1:1 (0:0) | ||
| 14:00 | SC Paderborn 07 | - | Bayern München II | 2:1 (2:0) | ||
| 28.09.2008 | 14:00 | VfR Aalen | - | Kickers Offenbach | 1:1 (1:0) | |
| 14:00 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Union Berlin | 1:2 (0:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SC Paderborn 07 | 8 | 6 | 1 | 1 | 16:9 | 7 | 19 |
| 2 |
|
Kickers Emden | 8 | 5 | 2 | 1 | 13:7 | 6 | 17 |
| 3 |
|
Fortuna Düsseldorf | 8 | 5 | 1 | 2 | 14:7 | 7 | 16 |
| 4 |
|
SV Sandhausen | 8 | 5 | 0 | 3 | 17:10 | 7 | 15 |
| 5 |
|
1. FC Union Berlin | 8 | 4 | 3 | 1 | 13:6 | 7 | 15 |
| 6 |
|
SpVgg Unterhaching | 8 | 4 | 3 | 1 | 12:8 | 4 | 15 |
| 7 |
|
Bayern München II | 8 | 4 | 3 | 1 | 10:7 | 3 | 15 |
| 8 |
|
VfB Stuttgart II | 8 | 4 | 2 | 2 | 19:9 | 10 | 14 |
| 9 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 8 | 4 | 1 | 3 | 11:11 | 0 | 13 |
| 10 |
|
Eintracht Braunschweig | 8 | 3 | 2 | 3 | 10:9 | 1 | 11 |
| 11 |
|
Dynamo Dresden | 8 | 3 | 1 | 4 | 8:8 | 0 | 10 |
| 12 |
|
Kickers Offenbach | 8 | 2 | 4 | 2 | 10:12 | -2 | 10 |
| 13 |
|
Wacker Burghausen | 8 | 3 | 0 | 5 | 14:19 | -5 | 9 |
| 14 |
|
Wuppertaler SV | 8 | 2 | 2 | 4 | 8:12 | -4 | 8 |
| 15 |
|
VfR Aalen | 8 | 1 | 5 | 2 | 6:10 | -4 | 8 |
| 16 |
|
Werder Bremen II | 8 | 2 | 1 | 5 | 14:19 | -5 | 7 |
| 17 |
|
Jahn Regensburg | 8 | 1 | 3 | 4 | 8:15 | -7 | 6 |
| 18 |
|
Erzgebirge Aue | 8 | 1 | 2 | 5 | 7:14 | -7 | 5 |
| 19 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 8 | 1 | 2 | 5 | 10:19 | -9 | 5 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 8 | 0 | 2 | 6 | 5:14 | -9 | -1 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
