# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 4 3 1 0 6:3 3 10
2 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 4 3 1 0 5:2 3 10
3 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 4 2 2 0 6:1 5 8
4 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 4 2 1 1 9:4 5 7
5 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 4 2 1 1 7:4 3 7
6 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 4 2 1 1 5:3 2 7
7 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 4 2 1 1 8:7 1 7
8 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 4 2 0 2 9:6 3 6
9 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 4 2 0 2 3:3 0 6
10 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 4 2 0 2 8:9 -1 6
11 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 4 1 2 1 5:4 1 5
12 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 4 1 2 1 7:7 0 5
13 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 4 1 2 1 5:6 -1 5
14 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 4 1 2 1 3:4 -1 5
15 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 4 1 1 2 3:3 0 4
16 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 4 1 1 2 4:5 -1 4
17 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 4 1 1 2 4:6 -2 4
18 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 4 1 0 3 2:10 -8 3
19 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 4 0 1 3 4:9 -5 1
20 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 4 0 0 4 0:7 -7 -3
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.