# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 24 14 8 2 38:15 23 50
2 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 24 14 4 6 44:25 19 46
3 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 24 13 4 7 37:21 16 43
4 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 24 12 7 5 33:22 11 43
5 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 24 11 5 8 31:33 -2 38
6 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 24 10 6 8 32:25 7 36
7 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 24 8 12 4 30:24 6 36
8 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 24 8 10 6 29:22 7 34
9 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 24 9 7 8 38:33 5 34
10 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 24 9 6 9 30:27 3 33
11 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 24 8 6 10 37:33 4 30
12 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 24 7 8 9 30:30 0 29
13 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 24 6 8 10 23:30 -7 26
14 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 24 4 14 6 17:25 -8 26
15 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 24 6 8 10 26:39 -13 26
16 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 24 6 7 11 27:41 -14 25
17 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 24 5 10 9 23:37 -14 25
18 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 24 6 6 12 22:35 -13 24
19 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 24 6 5 13 32:41 -9 23
20 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 24 3 9 12 27:48 -21 15
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.