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| 24.10.2008 | 19:00 | Wuppertaler SV | - | Werder Bremen II | 2:1 (1:1) | |
| 25.10.2008 | 14:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | Jahn Regensburg | 4:1 (2:1) | |
| 14:00 | Eintracht Braunschweig | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 (0:1) | ||
| 14:00 | Dynamo Dresden | - | VfR Aalen | 1:1 (0:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Union Berlin | - | SC Paderborn 07 | 3:2 (0:1) | ||
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | Stuttgarter Kickers | 4:0 (0:0) | ||
| 14:00 | VfB Stuttgart II | - | Fortuna Düsseldorf | 0:4 (0:2) | ||
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | Erzgebirge Aue | 0:4 (0:0) | ||
| 26.10.2008 | 14:00 | Bayern München II | - | SpVgg Unterhaching | 0:0 (0:0) | |
| 14:00 | Kickers Emden | - | SV Sandhausen | 3:0 (1:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
1. FC Union Berlin | 11 | 7 | 3 | 1 | 21:9 | 12 | 24 |
| 2 |
|
Kickers Emden | 11 | 7 | 3 | 1 | 18:8 | 10 | 24 |
| 3 |
|
SC Paderborn 07 | 11 | 7 | 2 | 2 | 20:13 | 7 | 23 |
| 4 |
|
Fortuna Düsseldorf | 11 | 6 | 2 | 3 | 19:9 | 10 | 20 |
| 5 |
|
SV Sandhausen | 11 | 6 | 1 | 4 | 21:15 | 6 | 19 |
| 6 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 11 | 6 | 1 | 4 | 19:15 | 4 | 19 |
| 7 |
|
Bayern München II | 11 | 4 | 6 | 1 | 14:11 | 3 | 18 |
| 8 |
|
Kickers Offenbach | 11 | 4 | 5 | 2 | 15:12 | 3 | 17 |
| 9 |
|
SpVgg Unterhaching | 11 | 4 | 5 | 2 | 14:13 | 1 | 17 |
| 10 |
|
VfB Stuttgart II | 11 | 4 | 3 | 4 | 24:19 | 5 | 15 |
| 11 |
|
Eintracht Braunschweig | 11 | 4 | 3 | 4 | 14:12 | 2 | 15 |
| 12 |
|
Dynamo Dresden | 11 | 3 | 4 | 4 | 10:10 | 0 | 13 |
| 13 |
|
Erzgebirge Aue | 11 | 3 | 3 | 5 | 17:17 | 0 | 12 |
| 14 |
|
Wuppertaler SV | 11 | 3 | 3 | 5 | 10:14 | -4 | 12 |
| 15 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 11 | 3 | 3 | 5 | 13:20 | -7 | 12 |
| 16 |
|
VfR Aalen | 11 | 1 | 7 | 3 | 7:14 | -7 | 10 |
| 17 |
|
Wacker Burghausen | 11 | 3 | 0 | 8 | 14:26 | -12 | 9 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 11 | 2 | 3 | 6 | 11:23 | -12 | 9 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 11 | 2 | 1 | 8 | 16:24 | -8 | 7 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 11 | 0 | 4 | 7 | 12:25 | -13 | 1 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
