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| 19.05.2013 | 13:30 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Köln | 0:3 (0:0) | |
| 13:30 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC St. Pauli | 1:2 (0:2) | ||
| 13:30 | MSV Duisburg | - | SC Paderborn 07 | 3:2 (1:1) | ||
| 13:30 | VfL Bochum | - | 1. FC Union Berlin | 1:2 (0:0) | ||
| 13:30 | Eintracht Braunschweig | - | FSV Frankfurt | 2:2 (1:1) | ||
| 13:30 | Hertha BSC | - | Energie Cottbus | 1:1 (0:1) | ||
| 13:30 | SV Sandhausen | - | Erzgebirge Aue | 0:1 (0:0) | ||
| 13:30 | TSV 1860 München | - | VfR Aalen | 3:0 (1:0) | ||
| 13:30 | Dynamo Dresden | - | Jahn Regensburg | 3:1 (0:0) |
| » Tabelle | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Hertha BSC | 34 | 22 | 10 | 2 | 65:28 | 37 | 76 |
| 2 |
|
Eintracht Braunschweig | 34 | 19 | 10 | 5 | 52:34 | 18 | 67 |
| 3 |
|
1. FC Kaiserslautern | 34 | 15 | 13 | 6 | 55:33 | 22 | 58 |
| 4 |
|
FSV Frankfurt | 34 | 16 | 6 | 12 | 55:45 | 10 | 54 |
| 5 |
|
1. FC Köln | 34 | 14 | 12 | 8 | 43:33 | 10 | 54 |
| 6 |
|
TSV 1860 München | 34 | 12 | 13 | 9 | 39:31 | 8 | 49 |
| 7 |
|
1. FC Union Berlin | 34 | 13 | 10 | 11 | 50:49 | 1 | 49 |
| 8 |
|
Energie Cottbus | 34 | 12 | 12 | 10 | 41:36 | 5 | 48 |
| 9 |
|
VfR Aalen | 34 | 12 | 10 | 12 | 40:39 | 1 | 46 |
| 10 |
|
FC St. Pauli | 34 | 11 | 10 | 13 | 44:47 | -3 | 43 |
| 11 |
|
MSV Duisburg | 34 | 11 | 10 | 13 | 37:49 | -12 | 43 |
| 12 |
|
SC Paderborn 07 | 34 | 11 | 9 | 14 | 45:45 | 0 | 42 |
| 13 |
|
FC Ingolstadt 04 | 34 | 10 | 12 | 12 | 36:43 | -7 | 42 |
| 14 |
|
VfL Bochum | 34 | 10 | 8 | 16 | 40:52 | -12 | 38 |
| 15 |
|
Erzgebirge Aue | 34 | 9 | 10 | 15 | 39:46 | -7 | 37 |
| 16 |
|
Dynamo Dresden | 34 | 9 | 10 | 15 | 35:49 | -14 | 37 |
| 17 |
|
SV Sandhausen | 34 | 6 | 8 | 20 | 38:66 | -28 | 26 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 34 | 4 | 7 | 23 | 36:65 | -29 | 19 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
