1. Spieltag 03.08.2003 Wacker Burghausen - Alemannia Aachen 1:1
2. Spieltag 10.08.2003 1. FC Nürnberg - Wacker Burghausen 2:0
3. Spieltag 17.08.2003 Wacker Burghausen - VfL Osnabrück 4:1 gelbe Karte
4. Spieltag 24.08.2003 Rot-Weiß Oberhausen - Wacker Burghausen 1:2 gelbe Karte
5. Spieltag 12.09.2003 Wacker Burghausen - LR Ahlen 0:1
6. Spieltag 21.09.2003 Karlsruher SC - Wacker Burghausen 0:0
7. Spieltag 28.09.2003 Arminia Bielefeld - Wacker Burghausen 3:1 gelbe Karte
8. Spieltag 05.10.2003 Wacker Burghausen - 1. FSV Mainz 05 2:0
11. Spieltag 02.11.2003 SpVgg Greuther Fürth - Wacker Burghausen 2:2
12. Spieltag 09.11.2003 Wacker Burghausen - MSV Duisburg 1:2
13. Spieltag 21.11.2003 VfB Lübeck - Wacker Burghausen 2:2
14. Spieltag 30.11.2003 Wacker Burghausen - SpVgg Unterhaching 0:2
15. Spieltag 05.12.2003 Jahn Regensburg - Wacker Burghausen 0:2 gelbe Karte
16. Spieltag 14.12.2003 Wacker Burghausen - Eintracht Trier 1:1 gelbe Karte
18. Spieltag 31.01.2004 Alemannia Aachen - Wacker Burghausen 0:1
19. Spieltag 06.02.2004 Wacker Burghausen - 1. FC Nürnberg 0:0
20. Spieltag 13.02.2004 VfL Osnabrück - Wacker Burghausen 3:0 gelbe Karte
23. Spieltag 05.03.2004 Wacker Burghausen - Karlsruher SC 0:0
22. Spieltag 17.03.2004 LR Ahlen - Wacker Burghausen 3:1
25. Spieltag 21.03.2004 1. FSV Mainz 05 - Wacker Burghausen 1:0 gelbe Karte
26. Spieltag 26.03.2004 Wacker Burghausen - Energie Cottbus 1:1
27. Spieltag 04.04.2004 Erzgebirge Aue - Wacker Burghausen 3:0 gelb-rote Karte
29. Spieltag 18.04.2004 MSV Duisburg - Wacker Burghausen 1:0 gelbe Karte
30. Spieltag 23.04.2004 Wacker Burghausen - VfB Lübeck 2:1 Tor
31. Spieltag 02.05.2004 SpVgg Unterhaching - Wacker Burghausen 1:2
32. Spieltag 07.05.2004 Wacker Burghausen - Jahn Regensburg 2:0 Tor
33. Spieltag 16.05.2004 Eintracht Trier - Wacker Burghausen 0:0
34. Spieltag 23.05.2004 Wacker Burghausen - 1. FC Union Berlin 3:1