| 3. Spieltag | 10.08.2016 | Werder Bremen II | - | FSV Zwickau | 1:3 | ||||
| 4. Spieltag | 13.08.2016 | SC Paderborn 07 | - | Werder Bremen II | 1:2 |  |
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| 5. Spieltag | 26.08.2016 | Werder Bremen II | - | VfL Osnabrück | 4:2 | ||||
| 6. Spieltag | 10.09.2016 | MSV Duisburg | - | Werder Bremen II | 1:0 | |
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| 7. Spieltag | 17.09.2016 | Werder Bremen II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 2:1 | ||||
| 8. Spieltag | 21.09.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Werder Bremen II | 2:0 | ||||
| 9. Spieltag | 24.09.2016 | Preußen Münster | - | Werder Bremen II | 4:0 | ||||
| 10. Spieltag | 01.10.2016 | Werder Bremen II | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:1 | ||||
| 11. Spieltag | 15.10.2016 | Holstein Kiel | - | Werder Bremen II | 3:1 |  |
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| 13. Spieltag | 29.10.2016 | Chemnitzer FC | - | Werder Bremen II | 1:1 | ||||
| 22. Spieltag | 11.02.2017 | FSV Zwickau | - | Werder Bremen II | 2:1 | ||||
| 31. Spieltag | 04.04.2017 | Rot-Weiß Erfurt | - | Werder Bremen II | 1:1 | ||||
| 29. Spieltag | 19.04.2017 | SV Wehen Wiesbaden | - | Werder Bremen II | 2:0 | |
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| 36. Spieltag | 05.05.2017 | Werder Bremen II | - | Hallescher FC | 1:1 |
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