| 1. Spieltag | 15.08.2020 | AC Bellinzona | - | FC Rapperswil-Jona | 1:1 | ||||
| 3. Spieltag | 22.08.2020 | FC Basel 1893 II | - | FC Rapperswil-Jona | 2:0 | ||||
| 4. Spieltag | 29.08.2020 | SC Brühl | - | FC Rapperswil-Jona | 1:1 | ||||
| 6. Spieltag | 12.09.2020 | FC Sion II | - | FC Rapperswil-Jona | 3:2 | ||||
| 7. Spieltag | 19.09.2020 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Black Stars Basel | 5:1 | ||||
| 9. Spieltag | 03.10.2020 | FC Rapperswil-Jona | - | SC YF/Juventus Zürich | 5:1 | ||||
| 10. Spieltag | 10.10.2020 | Etoile Carouge FC | - | FC Rapperswil-Jona | 1:2 | ||||
| 11. Spieltag | 17.10.2020 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Stade Nyonnais | 0:2 | ||||
| 12. Spieltag | 24.10.2020 | FC Zürich II | - | FC Rapperswil-Jona | 1:4 | ||||
| 13. Spieltag | 10.04.2021 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Münsingen | 3:0 | ||||
| 14. Spieltag | 17.04.2021 | Yverdon Sport FC | - | FC Rapperswil-Jona | 3:0 | ||||
| 15. Spieltag | 24.04.2021 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Bavois | 1:1 |
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