1. Spieltag 13.08.2011 Energie Cottbus [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 2:2 Tor
2. Spieltag 20.08.2011 FC St. Pauli [A-Junioren] - Werder Bremen [A-Junioren] 2:3 TorTor gelbe Karte
3. Spieltag 28.08.2011 Hamburger SV [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 4:0
4. Spieltag 11.09.2011 FC St. Pauli [A-Junioren] - Hansa Rostock [A-Junioren] 1:1 Tor
5. Spieltag 25.09.2011 Hertha BSC [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 1:1 Tor
6. Spieltag 02.10.2011 FC St. Pauli [A-Junioren] - VfL Wolfsburg [A-Junioren] 1:2
7. Spieltag 22.10.2011 Hannover 96 [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 3:1
8. Spieltag 30.10.2011 FC St. Pauli [A-Junioren] - Hallescher FC [A-Junioren] 0:0
9. Spieltag 06.11.2011 VfL Osnabrück [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 1:3
10. Spieltag 19.11.2011 FC St. Pauli [A-Junioren] - Hertha Zehlendorf [A-Junioren] 3:0 TorTor gelbe Karte
11. Spieltag 26.11.2011 FC St. Pauli [A-Junioren] - VfL Oldenburg [A-Junioren] 1:1
12. Spieltag 04.12.2011 Rot-Weiß Erfurt [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 4:0
14. Spieltag 12.02.2012 FC St. Pauli [A-Junioren] - Energie Cottbus [A-Junioren] 4:4 Tor
15. Spieltag 19.02.2012 Werder Bremen [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 1:3 TorTor
16. Spieltag 26.02.2012 FC St. Pauli [A-Junioren] - Hamburger SV [A-Junioren] 1:0
17. Spieltag 03.03.2012 Hansa Rostock [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 5:0
19. Spieltag 18.03.2012 VfL Wolfsburg [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 2:0
13. Spieltag 24.03.2012 FC St. Pauli [A-Junioren] - 1. FC Union Berlin [A-Junioren] 1:0
20. Spieltag 31.03.2012 FC St. Pauli [A-Junioren] - Hannover 96 [A-Junioren] 1:0 Tor
18. Spieltag 05.04.2012 FC St. Pauli [A-Junioren] - Hertha BSC [A-Junioren] 0:3 gelbe Karte
21. Spieltag 15.04.2012 Hallescher FC [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 0:0
22. Spieltag 22.04.2012 FC St. Pauli [A-Junioren] - VfL Osnabrück [A-Junioren] 0:0
23. Spieltag 28.04.2012 Hertha Zehlendorf [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 2:0
25. Spieltag 20.05.2012 FC St. Pauli [A-Junioren] - Rot-Weiß Erfurt [A-Junioren] 3:0
26. Spieltag 03.06.2012 1. FC Union Berlin [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 2:2