| 2. Spieltag | 13.08.2016 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 0:2 | ||||
| 3. Spieltag | 28.08.2016 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 1:0 |  |
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| 4. Spieltag | 10.09.2016 | FC St. Pauli | - | Arminia Bielefeld | 2:1 | ||||
| 5. Spieltag | 18.09.2016 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 6. Spieltag | 22.09.2016 | FC St. Pauli | - | TSV 1860 München | 2:2 | ||||
| 8. Spieltag | 01.10.2016 | Hannover 96 | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 9. Spieltag | 14.10.2016 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 1:2 | ||||
| 12. Spieltag | 07.11.2016 | Würzburger Kickers | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 20.11.2016 | FC St. Pauli | - | Fortuna Düsseldorf | 0:1 | ||||
| 15. Spieltag | 02.12.2016 | FC St. Pauli | - | 1. FC Kaiserslautern | 0:0 | |
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| 16. Spieltag | 11.12.2016 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 17. Spieltag | 17.12.2016 | FC St. Pauli | - | VfL Bochum | 1:1 | ||||
| 20. Spieltag | 12.02.2017 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 2:0 |  |
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| 25. Spieltag | 18.03.2017 | FC St. Pauli | - | Hannover 96 | 0:0 | ||||
| 26. Spieltag | 31.03.2017 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 27. Spieltag | 04.04.2017 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 0:0 |
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