| 1. Spieltag | 06.08.2016 | VfL Bochum | - | 1. FC Union Berlin | 2:1 |  |
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| 2. Spieltag | 15.08.2016 | 1. FC Union Berlin | - | Dynamo Dresden | 2:2 | ||||
| 4. Spieltag | 10.09.2016 | 1. FC Union Berlin | - | Karlsruher SC | 4:0 | ||||
| 5. Spieltag | 16.09.2016 | TSV 1860 München | - | 1. FC Union Berlin | 1:2 |  |
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| 6. Spieltag | 21.09.2016 | Würzburger Kickers | - | 1. FC Union Berlin | 0:1 | ||||
| 7. Spieltag | 26.09.2016 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 8. Spieltag | 30.09.2016 | 1. FC Nürnberg | - | 1. FC Union Berlin | 2:0 | ||||
| 12. Spieltag | 05.11.2016 | 1. FC Kaiserslautern | - | 1. FC Union Berlin | 1:0 | ||||
| 15. Spieltag | 05.12.2016 | 1. FC Union Berlin | - | Eintracht Braunschweig | 2:0 | ||||
| 16. Spieltag | 09.12.2016 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | 1. FC Union Berlin | 3:0 | ||||
| 25. Spieltag | 20.03.2017 | 1. FC Union Berlin | - | 1. FC Nürnberg | 1:0 | ||||
| 27. Spieltag | 05.04.2017 | 1. FC Union Berlin | - | Erzgebirge Aue | 0:1 | ||||
| 33. Spieltag | 14.05.2017 | 1. FC Union Berlin | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:1 |
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