| 24. Spieltag | 04.02.2024 | Waldhof Mannheim | - | Preußen Münster | 2:2 | ||||
| 25. Spieltag | 10.02.2024 | Preußen Münster | - | SV Sandhausen | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 23.02.2024 | Preußen Münster | - | MSV Duisburg | 3:1 | ||||
| 28. Spieltag | 02.03.2024 | Erzgebirge Aue | - | Preußen Münster | 2:3 |  |
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| 29. Spieltag | 09.03.2024 | Preußen Münster | - | Hallescher FC | 1:0 | ||||
| 30. Spieltag | 16.03.2024 | TSV 1860 München | - | Preußen Münster | 1:2 | ||||
| 31. Spieltag | 30.03.2024 | Preußen Münster | - | Dynamo Dresden | 1:0 | ||||
| 32. Spieltag | 06.04.2024 | Preußen Münster | - | Jahn Regensburg | 1:3 |  |
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| 33. Spieltag | 13.04.2024 | SSV Ulm 1846 | - | Preußen Münster | 2:0 | ||||
| 34. Spieltag | 21.04.2024 | Preußen Münster | - | SC Freiburg II | 2:0 | ||||
| 35. Spieltag | 27.04.2024 | Viktoria Köln | - | Preußen Münster | 3:5 | ||||
| 36. Spieltag | 05.05.2024 | Preußen Münster | - | 1. FC Saarbrücken | 4:1 | ||||
| 37. Spieltag | 12.05.2024 | SC Verl | - | Preußen Münster | 2:0 | ||||
| 38. Spieltag | 18.05.2024 | Preußen Münster | - | SpVgg Unterhaching | 2:0 |
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