| Gruppe F | 19.09.2012 | Bayern München | - | Valencia CF | 2:1 | ||||
| Gruppe F | 02.10.2012 | BATE Borisov | - | Bayern München | 3:1 |  |
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| Gruppe F | 23.10.2012 | Lille OSC | - | Bayern München | 0:1 | ||||
| Gruppe F | 07.11.2012 | Bayern München | - | Lille OSC | 6:1 | ||||
| Gruppe F | 20.11.2012 | Valencia CF | - | Bayern München | 1:1 | |
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| Gruppe F | 05.12.2012 | Bayern München | - | BATE Borisov | 4:1 | ||||
| Achtelfinale | 19.02.2013 | Arsenal FC | - | Bayern München | 1:3 | ||||
| Achtelfinale | 13.03.2013 | Bayern München | - | Arsenal FC | 0:2 | ||||
| Viertelfinale | 02.04.2013 | Bayern München | - | Juventus | 2:0 | ||||
| Viertelfinale | 10.04.2013 | Juventus | - | Bayern München | 0:2 | ||||
| Halbfinale | 23.04.2013 | Bayern München | - | FC Barcelona | 4:0 | ||||
| Finale | 25.05.2013 | Borussia Dortmund | - | Bayern München | 1:2 | |
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