| 3. Runde | 15.02.2006 | FC Basel 1893 | - | AS Monaco | 1:0 | ||||
| 3. Runde | 23.02.2006 | AS Monaco | - | FC Basel 1893 | 1:1 |  |
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| Achtelfinale | 09.03.2006 | FC Basel 1893 | - | RC Strasbourg | 2:0 | ||||
| Achtelfinale | 16.03.2006 | RC Strasbourg | - | FC Basel 1893 | 2:2 | ||||
| Viertelfinale | 30.03.2006 | FC Basel 1893 | - | Middlesbrough FC | 2:0 | |
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| Viertelfinale | 06.04.2006 | Middlesbrough FC | - | FC Basel 1893 | 4:1 |  |
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