7. Spieltag 20.09.2008 Erzgebirge Aue - Fortuna Düsseldorf 0:1
8. Spieltag 27.09.2008 Fortuna Düsseldorf - Rot-Weiß Erfurt 3:0
9. Spieltag 04.10.2008 Kickers Emden - Fortuna Düsseldorf 1:0 gelbe Karte
10. Spieltag 18.10.2008 Fortuna Düsseldorf - Bayern München II 1:1 gelbe Karte
11. Spieltag 25.10.2008 VfB Stuttgart II - Fortuna Düsseldorf 0:4
12. Spieltag 29.10.2008 Fortuna Düsseldorf - Kickers Offenbach 1:0
13. Spieltag 02.11.2008 1. FC Union Berlin - Fortuna Düsseldorf 1:0
14. Spieltag 08.11.2008 Fortuna Düsseldorf - Wuppertaler SV 3:1
15. Spieltag 15.11.2008 Dynamo Dresden - Fortuna Düsseldorf 0:2
16. Spieltag 21.11.2008 Fortuna Düsseldorf - Eintracht Braunschweig 2:1
17. Spieltag 29.11.2008 FC Carl Zeiss Jena - Fortuna Düsseldorf 1:0
18. Spieltag 06.12.2008 Fortuna Düsseldorf - VfR Aalen 1:1
19. Spieltag 14.12.2008 Werder Bremen II - Fortuna Düsseldorf 2:0 gelbe Karte
20. Spieltag 20.12.2008 SC Paderborn 07 - Fortuna Düsseldorf 0:0
21. Spieltag 05.02.2009 Fortuna Düsseldorf - Stuttgarter Kickers 2:0
23. Spieltag 22.02.2009 SpVgg Unterhaching - Fortuna Düsseldorf 2:1
24. Spieltag 28.02.2009 Fortuna Düsseldorf - SV Sandhausen 3:2
27. Spieltag 21.03.2009 Rot-Weiß Erfurt - Fortuna Düsseldorf 2:0
28. Spieltag 28.03.2009 Fortuna Düsseldorf - Kickers Emden 1:1
29. Spieltag 01.04.2009 Bayern München II - Fortuna Düsseldorf 0:1
30. Spieltag 04.04.2009 Fortuna Düsseldorf - VfB Stuttgart II 1:1
31. Spieltag 11.04.2009 Kickers Offenbach - Fortuna Düsseldorf 0:2
35. Spieltag 10.05.2009 Eintracht Braunschweig - Fortuna Düsseldorf 5:5 gelbe Karte
36. Spieltag 13.05.2009 Fortuna Düsseldorf - FC Carl Zeiss Jena 1:0
37. Spieltag 16.05.2009 VfR Aalen - Fortuna Düsseldorf 1:2