| 21. Spieltag | 04.03.2000 | SV Darmstadt 98 | - | FSV Frankfurt | 1:0 | ||||
| 22. Spieltag | 10.03.2000 | FSV Frankfurt | - | Wacker Burghausen | 2:1 |  |
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| 23. Spieltag | 18.03.2000 | Karlsruher SC II | - | FSV Frankfurt | 1:1 | ||||
| 24. Spieltag | 25.03.2000 | FSV Frankfurt | - | TSV 1860 München II | 1:1 | |
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| 25. Spieltag | 01.04.2000 | FC Augsburg | - | FSV Frankfurt | 4:2 | ||||
| 26. Spieltag | 13.04.2000 | FSV Frankfurt | - | Borussia Fulda | 0:1 |  |
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| 27. Spieltag | 16.04.2000 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FSV Frankfurt | 1:1 | |
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| 28. Spieltag | 23.04.2000 | FSV Frankfurt | - | VfR Aalen | 2:2 | ||||
| 29. Spieltag | 28.04.2000 | SV Wehen-Taunusstein | - | FSV Frankfurt | 1:1 | ||||
| 30. Spieltag | 07.05.2000 | FSV Frankfurt | - | SV Lohhof | 4:2 | |
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| 31. Spieltag | 14.05.2000 | TSF Ditzingen | - | FSV Frankfurt | 2:2 | |
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| 32. Spieltag | 17.05.2000 | FSV Frankfurt | - | Bayern München II | 2:3 | |
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| 33. Spieltag | 21.05.2000 | SSV Reutlingen | - | FSV Frankfurt | 3:0 | ||||
| 34. Spieltag | 27.05.2000 | FSV Frankfurt | - | VfB Stuttgart II | 0:2 Wert. | |
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