| Gruppe E | 17.09.2015 | Rapid Wien | - | Villarreal CF | 2:1 |  |
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| Gruppe E | 01.10.2015 | Villarreal CF | - | Viktoria Plzeň | 1:0 | ||||
| Gruppe E | 22.10.2015 | Villarreal CF | - | Dinamo Minsk | 4:0 | ||||
| Gruppe E | 05.11.2015 | Dinamo Minsk | - | Villarreal CF | 1:2 | ||||
| Gruppe E | 26.11.2015 | Villarreal CF | - | Rapid Wien | 1:0 | ||||
| Gruppe E | 10.12.2015 | Viktoria Plzeň | - | Villarreal CF | 3:3 | ||||
| Sechzehntelfinale | 25.02.2016 | SSC Napoli | - | Villarreal CF | 1:1 | |
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| Achtelfinale | 10.03.2016 | Villarreal CF | - | Bayer Leverkusen | 2:0 | ||||
| Achtelfinale | 17.03.2016 | Bayer Leverkusen | - | Villarreal CF | 0:0 | |
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| Viertelfinale | 14.04.2016 | AC Sparta Praha | - | Villarreal CF | 2:4 |
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