2. Spieltag 20.08.1988 Stahl Eisenhüttenstadt - BSG Motor Babelsberg 5:0
3. Spieltag 24.08.1988 BSG Motor Babelsberg - BSG Aktivist Brieske-Senftenberg 2:2
4. Spieltag 28.08.1988 Motor Schönebeck - BSG Motor Babelsberg 2:1
5. Spieltag 04.09.1988 BSG Motor Babelsberg - ASG Vorwärts Stralsund 1:0
6. Spieltag 17.09.1988 BSG Stahl Hennigsdorf - BSG Motor Babelsberg 1:1
7. Spieltag 25.09.1988 BSG Motor Babelsberg - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 1:3
8. Spieltag 01.10.1988 FC Vorwärts Frankfurt/Oder - BSG Motor Babelsberg 1:1
9. Spieltag 15.10.1988 BSG Motor Babelsberg - KWO Berlin 0:0
10. Spieltag 23.10.1988 BSG Motor Babelsberg - BFC Dynamo II 0:0 gelbe Karte
11. Spieltag 06.11.1988 BSG Aktivist Schwarze Pumpe Hoyerswerda - BSG Motor Babelsberg 2:1
12. Spieltag 13.11.1988 BSG Motor Babelsberg - BSG Lokomotive Stendal 2:0
13. Spieltag 19.11.1988 BSG KKW Greifswald - BSG Motor Babelsberg 6:1
16. Spieltag 23.11.1988 BSG Motor Babelsberg - SG Dynamo Schwerin 0:0
14. Spieltag 26.11.1988 BSG Motor Babelsberg - BSG Rotation Berlin 0:2
15. Spieltag 04.12.1988 BSG Post Neubrandenburg - BSG Motor Babelsberg 2:0
17. Spieltag 17.12.1988 Dynamo Fürstenwalde - BSG Motor Babelsberg 1:1
18. Spieltag 26.02.1989 Motor Ludwigsfelde - BSG Motor Babelsberg 2:0
19. Spieltag 05.03.1989 BSG Motor Babelsberg - Stahl Eisenhüttenstadt 0:1
20. Spieltag 11.03.1989 BSG Aktivist Brieske-Senftenberg - BSG Motor Babelsberg 4:1
21. Spieltag 19.03.1989 BSG Motor Babelsberg - Motor Schönebeck 1:1
22. Spieltag 24.03.1989 ASG Vorwärts Stralsund - BSG Motor Babelsberg 2:0
23. Spieltag 02.04.1989 BSG Motor Babelsberg - BSG Stahl Hennigsdorf 0:0 gelbe Karte
24. Spieltag 08.04.1989 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - BSG Motor Babelsberg 0:2
25. Spieltag 15.04.1989 BSG Motor Babelsberg - FC Vorwärts Frankfurt/Oder 1:1
26. Spieltag 22.04.1989 KWO Berlin - BSG Motor Babelsberg 0:3
27. Spieltag 30.04.1989 BFC Dynamo II - BSG Motor Babelsberg 1:0
28. Spieltag 03.05.1989 BSG Motor Babelsberg - BSG Aktivist Schwarze Pumpe Hoyerswerda 1:2
29. Spieltag 09.05.1989 BSG Lokomotive Stendal - BSG Motor Babelsberg 3:1
30. Spieltag 13.05.1989 BSG Motor Babelsberg - BSG KKW Greifswald 3:2
31. Spieltag 21.05.1989 BSG Rotation Berlin - BSG Motor Babelsberg 0:0
32. Spieltag 27.05.1989 BSG Motor Babelsberg - BSG Post Neubrandenburg 2:1
33. Spieltag 31.05.1989 SG Dynamo Schwerin - BSG Motor Babelsberg 0:0
34. Spieltag 04.06.1989 BSG Motor Babelsberg - Dynamo Fürstenwalde 3:7