# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Aarau, Schweiz FC Aarau 35 17 13 5 32:16 16 64
2 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 35 15 17 3 27:8 19 62
3 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 35 14 16 5 26:18 8 58
4 FC Lugano, Schweiz FC Lugano 35 14 12 8 28:18 10 54
5 FC Wil 1900, Schweiz FC Wil 1900 35 9 13 12 23:21 2 40
6 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 35 7 17 11 16:19 -3 38
7 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 35 7 17 10 15:23 -8 38
8 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 35 6 16 13 14:25 -11 34
9 FC Biel/Bienne, Schweiz FC Biel/Bienne 35 7 13 15 18:32 -14 34
10 FC Locarno, Schweiz FC Locarno 35 4 12 18 9:28 -19 24
  Aufstieg
  Abstieg

# Beim Spiel der 2. Runde FC Wil 1900 - FC Wohlen 0:1 (0:1) am 22.07.2012 stand bei Wil der nicht einsatzberechtigte Lars Leuzinger im Kader. Die Partie wurde deshalb von der Disziplinarkommission der SFL mit 0:3 gewertet.

# Beim Spiel der 19. Runde FC Locarno - FC Lugano 0:3 (0:2) am 13.02.2013 hatte Lugano acht statt der maximal erlaubten sieben nicht lokal ausgebildeten Spieler im Kader. Die Partie wurde deshalb von der SFL mit 3:0 für Locarno gewertet.

# Dem AC Bellinzona wurde wegen Verstösse gegen das Lizenzreglement sieben Punkte abgezogen.

# Der AC Bellinzona erhielt vom Schweizer Fußballverband für die Saison 2013/2014 keine Lizenz. Der FC Locarno spielt somit trotz sportlichen Abstiegs auch in der Saison 2013/2014 in der Challenge League.